Qëllimet kryesore të IBB janë të kryejë kërkime në fushën e bujqësisë biologjike dhe të sistemeve të ushqimit, duke patur parasysh aspektet ushqyese, mjedisore dhe socio-ekonomike; të zhvillojë një shërbim këshillimi për fermerët sipërmarrësit dhe rrjetin e shërbimit këshillimor publik; të promovojë njohuritë dhe shkëmbimin e informacionit midis të gjithë personave apo institucioneve të interesuara dhe bashkëpunimin midis prodhuesve, përpunuesve dhe konsumatorëve; të promovojë mësimin e sistemeve të bujqësisë organike dhe të ushqimit në universitete, në shkolla të mesme, në shkolla buqjësore të të gjitha niveleve dhe në të tjera institucione arsimore.
Instituti Bujqësisë Biologjike ofron shërbimet si më poshtë:
- Rezultatet e kërkimeve në fermë realizuar nga Instituti;
- Këshillime për operatorët e bujqësisë bio dhe të integruar;
- Trajnime të specialistëve të bujqësisë dhe fermerëve;
- Zbatim projektesh ofruar nga donatore të ndryshëm;
- Botime në fushën e bujqësisë së qëndrueshme;
- Prognozë – sinjalizimin për sëmundjet dhe dëmtuesit kryesor të bujqësisë.